A geografia da região é uma dádiva da natureza. O município é cortado de norte a sul por uma formação de cuesta. A leste temos a borda do Planalto Central Brasileiro, com altitudes médias acima dos 1.000 metros nesta região, de vegetação campestre e rochosa e cujos rios compõem a Bacia Platina, e a Oeste uma extensa planície de altitude média de 700 metros, de vegetação mais densa e cujos rios compõem a Bacia do Tocantins-Araguaia. Diversas cachoeiras fazem de Pirenópolis importante polo turístico do estado de Goiás.